Oι ελληνικές λίμνες συνδέονται με την γεωλογική ιστορία της περιοχής. Η Βαλκανική χερσόνησος αποτελείται από βουνά που είναι προϊόντα παλαιοτέρων πτυχώσεων και από νεότερα βουνά που σχηματίστηκαν κατά την τελευταία μεγάλη ορογένεση. Ανάμεσα δημιουργήθηκαν βυθίσματα που σύντομα γέμισαν με νερό, γιατί η αλλαγή της μορφολογίας του εδάφους έκλεισε τις παλαιές διόδους από τις οποίες μπορούσαν να αποχετευτούν στην θάλασσα. Αυτό όμως δεν μπορούσε να κρατήσει για πάντα και σε κάποια σημεία άνοιξαν δίοδοι αποχέτευσης και μόνο σε κάποια βαθύτερα σημεία παρέμεινε νερό. Για παράδειγμα η λίμνη Κάρλα, η οποία ήταν απομεινάρι μιας πολύ μεγαλύτερης που κάλυπτε όλη τη Θεσσαλική πεδιάδα. Λίμνες όμως σχηματίστηκαν και με άλλους τρόπους, π.χ. όταν ένα ποτάμι περνάει από μία κλειστή λεκάνη με αδιαπέραστο από το νερό πυθμένα ή από παγετώνες, που άλλοτε κάλυπταν τις κοιλότητες των βουνών. Η εξέλιξη μιας λίμνης δεν είναι πάντα κάτι σταθερό. Οι ίδιοι ποταμοί που τις τροφοδοτούν γίνονται συχνά αιτία εξαφάνισής τους, επειδή τις γεμίζουν με φερτές ύλες.